Appelée aussi corps pinéal, elle se situe dans la région dénommée hypotalamus et a la forme d'une amande. Elle est peu connue de la science, même si sa description avait déjà été faite par Galène (130 à 201 avant J.C.) dans la Grèce antique. Les neurologues la situent devant le cervelet, sur les tubercules quadri-jumeaux et en dessous des corps calleux. Les fonctions de cette glande sont inconnues, néanmoins, l'existence de cas de puberté précoce et de tumeurs de l'épiphyse a amené les scientifiques à conclure qu’elle a un rôle important en ce qui concerne le sexe pendant la période infantile.Depuis René Descartes au XVIIe siècle, qui affirmait que l'âme humaine se situait en elle, la glande pinéale était considérée comme étant un organe possédant des fonctions transcendantales. Au-delà de Descartes, l'écrivain anglais écrivant sous le pseudonyme de Lobsang Rampa s'est dédié, parmi d'autres, à l'étude de cet organe.Les défenseurs des capacités transcendantales de cet organe le considèrent comme étant une antenne. Elle porte, dans sa constitution, des cristaux d'apatite. Selon une théorie, ces cristaux vibreraient en fonction des ondes électromagnétiques captées, ce qui expliquerait la régulation du cycle menstruel d'après les phases de la Lune. Chez l'être humain, elle serait capable d'interagir avec d'autres zones du cerveau comme, par exemple, le cortex cérébral qui serait capable de déchiffrer de telles informations. Cette théorie prétend expliquer les phénomènes paranormaux tels que la clairvoyance, la télépathie et la médiumnité.